Các cuộc tấn công vào sự tiến hóa từ các tín đồ tôn giáo bảo thủ thường bao gồm tuyên bố rằng không có bằng chứng cứng nhắc nào cho sự tiến hóa từng thực sự xảy ra. Nhiều người bị ảnh hưởng bởi những tuyên bố như vậy, một phần bởi vì trong khi yêu sách có thể được đưa ra một cách đáng kể và dễ dàng, thì những phản bác nhất thiết phải tốn thời gian, hàn lâm và ít kịch tính hơn. Tuy nhiên, sự thật là có nhiều bằng chứng cho sự tiến hóa. Sự khác biệt giữa các cấu trúc tương tự và tương đồng cung cấp một cách thú vị cho những người vô thần (và những người theo thuyết chấp nhận tiến hóa) để mô tả bằng chứng về sự tiến hóa đến từ hai hướng.
Cấu trúc tương tự / hội tụ
Một số đặc điểm sinh học là tương tự (còn được gọi là "hội tụ"), có nghĩa là chúng phục vụ cùng một chức năng ở các loài khác nhau nhưng chúng tiến hóa độc lập hơn là từ cùng một vật liệu phôi hoặc từ cùng một cấu trúc trong một tổ tiên chung. Một ví dụ về cấu trúc tương tự sẽ là đôi cánh trên bướm, dơi và chim.
Một ví dụ quan trọng khác là sự phát triển của mắt loại camera ở cả động vật thân mềm và động vật có xương sống. Ví dụ về cấu trúc tương tự này đặc biệt hữu ích vì một trong những tuyên bố phổ biến nhất được đưa ra bởi các nhà sáng tạo tôn giáo là một thứ phức tạp như mắt không thể tiến hóa một cách tự nhiên - họ nhấn mạnh rằng lời giải thích khả thi duy nhất là một nhà thiết kế siêu nhiên (mà luôn luôn là thượng đế của họ, mặc dù họ hiếm khi thừa nhận điều này hoàn toàn).
Việc mắt ở các loài khác nhau có cấu trúc tương tự chứng minh không chỉ mắt có thể tiến hóa tự nhiên mà trên thực tế, nó đã tiến hóa nhiều lần, độc lập và theo những cách hơi khác nhau. Điều tương tự cũng đúng với các cấu trúc tương tự khác, và điều này là do các chức năng nhất định (như có thể nhìn thấy) rất hữu ích đến nỗi cuối cùng chúng sẽ phát triển. Không có sinh vật siêu nhiên, dù là thần hay không, là cần thiết để giải thích hoặc hiểu cách mắt phát triển nhiều lần.
Cấu trúc tương đồng
Mặt khác, cấu trúc tương đồng là những đặc điểm được chia sẻ bởi các loài liên quan vì chúng được di truyền theo cách nào đó từ một tổ tiên chung. Ví dụ, xương trên vây trước của một con cá voi tương đồng với xương ở cánh tay người và cả hai đều tương đồng với xương trong cánh tay tinh tinh. Xương trong tất cả các bộ phận cơ thể khác nhau trên các động vật khác nhau về cơ bản là cùng một xương, nhưng kích thước của chúng khác nhau và chúng phục vụ các chức năng hơi khác nhau trong các động vật nơi chúng được tìm thấy.
Các cấu trúc tương đồng cung cấp bằng chứng về sự tiến hóa bởi vì chúng cho phép các nhà sinh học theo dõi con đường tiến hóa của các loài khác nhau, liên kết chúng trong cây tiến hóa lớn hơn, liên kết tất cả sự sống trở lại tổ tiên chung. Những cấu trúc như vậy cũng là bằng chứng mạnh mẽ chống lại chủ nghĩa sáng tạo và Thiết kế thông minh: nếu có một vị thần tạo ra tất cả các loài khác nhau, tại sao lại sử dụng cùng một phần cơ bản trong các sinh vật khác nhau cho các chức năng khác nhau? Tại sao không sử dụng các bộ phận hoàn toàn mới được thiết kế đặc biệt cho các mục đích cụ thể và khác nhau?
Chắc chắn một "bàn tay hoàn hảo hơn" và "một chiếc dép hoàn hảo hơn" có thể được tạo ra nếu dựa trên các bộ phận được thiết kế cho mục đích cụ thể của họ. Thay vào đó, những gì chúng ta có trong thực tế là những bộ phận cơ thể không hoàn hảo và chúng không hoàn hảo một phần bởi vì tất cả chúng đều có nguồn gốc từ xương tồn tại vì những lý do khác hoàn toàn. Xương đã được điều chỉnh, theo thời gian dài, cho các mục đích mới mà chúng chỉ cần thành công. Sự tiến hóa chỉ đòi hỏi một người phải giỏi hơn đối thủ, chứ không phải là người giỏi nhất về mặt lý thuyết. Đây là lý do tại sao các tính năng và cấu trúc không hoàn hảo là tiêu chuẩn trong thế giới tự nhiên.
Trên thực tế, toàn bộ thế giới sinh học có thể nói là bao gồm các cấu trúc tương đồng: tất cả sự sống đều dựa trên cùng loại nucleotide và cùng loại axit amin. Tại sao? Một nhà thiết kế hoàn hảo và thông minh có thể dễ dàng tạo ra sự sống từ nhiều loại axit amin và cấu trúc DNA, tất cả đều phù hợp cho các mục đích cụ thể. Sự hiện diện của các cấu trúc hóa học giống nhau trong tất cả sự sống là bằng chứng cho thấy tất cả sự sống có liên quan và được phát triển từ một tổ tiên chung. Bằng chứng khoa học không rõ ràng: không có vị thần hay nhà thiết kế nào khác có thể giúp phát triển cuộc sống nói chung hay cuộc sống của con người nói riêng. Chúng tôi là những gì chúng tôi là vì sự kế thừa tiến hóa của chúng tôi, không phải vì mong muốn hoặc ý chí của bất kỳ vị thần.
